Stasiun Juanda terletak di Jalan Ir. Juanda 1, Kebon Kelapa, Jakarta Pusat. Stasiun ini terletak di ketinggian 15 mdpl dan termasuk dalam Daerah Operasi I Jakarta. Stasiun yang hanya memiliki dua jalur dan dua peron ini termasuk stasiun kereta api kelas II dan letaknya melayang di atas tanah.
Dibuka pada tahun 1992, stasiun yang memiliki kode stasiun JUA ini terintegrasi atau terhubung langsung dengan Halte Juanda yang ada di sebelah selatan stasiun, sementara letaknya tidak jauh dari kantor pusat Daerah Operasi (DAOP) I Jakarta.
Layanan yang tersedia di Stasiun Juanda adalah layanan KRL Commuter Line sehingga fasilitas dan teknis yang tersedia di stasiun ini hanya menggunakan kartu multi-tripย serta kartu uang elektronik khusus yang dikeluarkan perbankan yang telah bekerja sama dengan KAI Commuter dan aplikasi LinkAja.
Sebagai stasiun dengan jalur layang, stasiun ini memiliki bangunan yang modern dengan ciri khas panel berwarna biru yang terus dipertahankan hingga saat ini. Proyek pembangunan jalur layang pada stasiun ini dimulai pada era Presiden Soeharto, tepatnya pada tahun 1988. Dana yang dihabiskan untuk pembangunan jalur tersebut mencapai Rp432,5 miliar.
Meski diresmikan pada 5 Juni 1992 oleh Presiden Soeharto, stasiun ini baru bisa beroperasi penuh setahun kemudian karena status proyeknya belum sepenuhnya selesai saat peresmian.